Pri príležitosti posviacky nového kláštora v Michalovciach 7. septembra 1931 o. igumen Trčka zdôraznil vo svojom príhovore, že redemptoristi chcú s najväčšou láskou slúžiť každému v duchovných dielach a zo všetkých síl sa budú usilovať šíriť Kráľovstvo Božie. Vyčerpaný výstavbou nového kláštora sa však už po roku stiahol do Stropkova, kde sa mal zotaviť a načerpať nových síl do práce. Do Michaloviec sa vrátil v októbri 1934. V marci 1935 ho Kongregácia pre východné cirkvi vymenovala za apoštolského vizitátora sestier baziliánok v Prešove a Užhorode. V júni 1936 bol opäť menovaný predstaveným v michalovskom kláštore a zostal ním až do apríla 1942. Jeho snahou bolo, aby sa kláštor stal ozajstnou baštou duchovného života na Zemplíne, čo sa mu do značnej miery aj podarilo.

Udalosti druhej svetovej vojny zmarili viacero apoštolských zámerov. Michalovskí redemptoristi boli v tom čase radikálnymi Slovákmi označovaní, a to i napriek svojej českej národnosti, za rusínskych fanatikov, niektorí ich zasa obviňovali z pročeskej agitácie či dokonca maďarizácie. Situácia sa ešte viac vyostrila po tom, čo bol o. Trčka obvinený, že na základe šírenia pastierskeho listu vladyku Gojdiča ku sčítaniu ľudu, vraj roznecoval národnostné nepokoje. Dňa 21. februára 1941 bol predvolaný pred súd v Michalovciach. Ten po prešetrení konštatoval, že obžaloba neobsahuje žiadny protištátny čin a spod obžaloby ho oslobodil. Keď bol 9. apríla 1942 oslobodený od úradu igumena, stiahol sa do ústrania a rád chodil vypomáhať známym kňazom na farnosti. V tom čase tiež pomáhal zachraňovať životy Židom, pretože im vybavoval krstné listy.