Prechod frontu prežil v kláštore v Podolínci. V októbri 1945 bol opäť menovaný predstaveným v Michalovciach. Ako skúsený misionár a dlhoročný predstavený sa veľkou mierou pričinil o rozvoj apoštolátu medzi gréckokatolíkmi a o vznik viceprovincie redemptoristov so sídlom v Michalovciach. Tá bola 21. decembra 1945 zriadená v Ríme a jej promulgácia (zverejnenie dokumentu) sa uskutočnila 23. marca 1946 v Michalovciach. O. Trčka sa stal prvým protoigumenom. Hlavnú pozornosť venoval založeniu nových kláštorov v Stropkove a Sabinove, výstavbe stropkovského chrámu a výchove dorastu. Mnohé plány však zahatal nastupujúci komunistický režim.

V roku 1949 bol zrušený juvenát v Michalovciach, veľmi populárny časopis Misionár, ba dokonca aj viceprovincia, takže gréckokatolícki redemptoristi museli sa stať súčasťou bratislavskej rímskokatolíckej viceprovincie. O. Trčka bol nútený odísť z Michaloviec do Sabinova, odkiaľ naďalej tajne riadil členov viceprovincie. Dňa 13. apríla 1950 bola v rámci akcie „K" internovaná aj komunita redemptoristov v Sabinove. O. Trčka bol prevezený do Podolínca. Odtiaľ ho v máji 1950 previezli do Leopoldova, kde prešiel krutým vyšetrovaním. Krátko bol aj v Báči a potom opäť v Podolínci. Na príkaz Štátnej bezpečnosti bol vyšetrovaný v Prešove a v Bratislave. Od 21. septembra 1951 čakal vo väznici Krajského súdu v Bratislave na súdne pojednávanie. To sa uskutočnilo 21. apríla 1952. Proces niesol jasné známky nekalých praktík vtedajšej justície, ktorá bola iba poslušnou slúžkou komunistickej strany. Nespravodlivo ho odsúdili za velezradu a vyzvedačstvo na 12 rokov väzenia, peňažný trest 20-tisíc korún, konfiškáciu celého majetku a stratu občianskych práv na desať rokov. Odvolanie sa na Najvyšší súd bolo ako bezdôvodné zamietnuté.

Po súdnom pojednávaní skončil vo väznici v Ilave. Väzenský život bol pre neho veľmi ťažký, pretože bol už v pokročilom veku a patril k telesne slabším väzňom. Silu vytrpieť prenasledovanie čerpal z každodenných modlitieb a tajne slúžených svätých liturgií, o čom sa zachovali písomné svedectvá. Spoluväzni si ho vážili a jeho málovravnosť nepokladali za nespoločenské správanie. Cenili si hlavne jeho cit pre spravodlivosť, jemný spôsob vystupovania a svojrázny štýl humoru.

Žiadosti o amnestiu boli vždy neúspešné. Nenechal sa totiž „prevychovať" komunistickým režimom, zostal verný hodnotám a zásadám ktoré žil a hlásal, čo je pre nás dôležitým svedectvom a stále aktuálnym príkladom. Túžil po slobode a mal nádej, že k tomu raz určite dôjde. Svoj život oddával do Božích rúk, a to, že je ešte stále nažive, pripisoval Božej vôli.